Bioinformatic Data Skills 学习专题(6) Genomic Range之二
Chapter 9 Working with Range Data (2)
概念回溯
- 为什么要用ranges?
- 图像画思维：虽然在考虑结构变异的时候我们已经将线性的基因组缩短到了插入、删除、转位和拷贝数目变异等类别，但是更好的方法就是把一维序列当作多位图像来看
- S4Vectors: S4 implementation of vector-like and list-like objects, http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/S4Vectors.html
nfs实现linux系统间文件共享
NFS服务器的安装过程、配置文件和常用命令行工具，以及NFS客户端上如何安装常用工具，介绍如何挂载共享目录。
More …孤独的生信小白求生指南
原文： A guide for the lonely bioinformatician
作者：Mick Watson
翻译：王hh
就在前几周我在餐厅里喝咖啡时，听到一些PI在讨论有关申请补助金的事儿。PI头头发话：“不用担心，我们已经申请补助金去招一个生物信息学领域的人了”——唔，这当然是一个好主意，我也很赞成。但是，在场讨论的PI里一个都没有生物信息数据分析的经验，他们甚至不知道Linux是个啥玩意儿。
是的，你没猜错，我们又要迎来一个“pet bioinformatician”了——这个pet当然不是指娱乐豢养的意思，而是指在招募一个生物信息人员到一个纯做实验的实验室里。在英国学术机构中，这类性质的人越来越常见，但是令我担心的却是这些人的发展。由于没有高级生物信息人员的指导，他们在这些实验室的受到的生信相关的科研训练乃至职业生涯的发展都可能受到严重阻碍。
More …genome browser(IGV为例) 上文件的准备
Q: 何快速有效地将新拿到的参考基因组在IGV里可视化？
举一个栗子
- IGV：安装就不讲了，自行百度
- 物种：schizosaccharomyces_pombe
- 必需：FA文件，纯序列信息，分染色体记录
- 基因信息：refGene.txt 需要对应FA参考基因组版本，通常在一个目录下就能获得，没有的时候需要用gtfToGenePred将gtf信息转换成对应格式。 “