孤独的生信小白求生指南

原文: A guide for the lonely bioinformatician

作者:Mick Watson

翻译:王hh

就在前几周我在餐厅里喝咖啡时,听到一些PI在讨论有关申请补助金的事儿。PI头头发话:“不用担心,我们已经申请补助金去招一个生物信息学领域的人了”——唔,这当然是一个好主意,我也很赞成。但是,在场讨论的PI里一个都没有生物信息数据分析的经验,他们甚至不知道Linux是个啥玩意儿。

是的,你没猜错,我们又要迎来一个“pet bioinformatician”了——这个pet当然不是指娱乐豢养的意思,而是指在招募一个生物信息人员到一个纯做实验的实验室里。在英国学术机构中,这类性质的人越来越常见,但是令我担心的却是这些人的发展。由于没有高级生物信息人员的指导,他们在这些实验室的受到的生信相关的科研训练乃至职业生涯的发展都可能受到严重阻碍。

另一方面,又有多少生物信息领域的PI和招募做实验的人员呢?能想想这些PI去指导博士后跑胶、跑ICR乃至更复杂的实验标准操作流程的场景吗(SOP, standard operating procedure)?想想都很可怕,是吧?所以这些光熟悉做实验的PI想从细节上指导生物信息人员也是不可能的。怎么培养一个毫无生信分析经验的职工?这些PI首先要考虑的是他们自己完全不了解这一领域所需的技能,而这一领域又正是其职工赖以生存的领域——那么当问题出现的时候,你该怎么帮助他们?

这份指南主要为pet bioinformaticians而写,希望能够对他们职业生涯的发展规划有一定启示。

1. Make friends with local bioinformatics groups

如果条件允许,加入地理上邻近的生物信息学课题组,告诉课题组头头你想要学习生物信息的动机,以及寻求他们帮助的诚恳。 可以的话就参与他们的组会和文献交流会。假如没有这样地理位置方便的小组,那就尝试找找网络社群(啊哈,没错,菜鸟团/技能树),在网络社群里,我们可以获得一些在实验室无法解决问题的答案。无论形式是什么,这个小组将会是通往你成功的一块基石之一。

2. Talk to your computing group

找到自己归属的小组后,尝试和小组沟通,描述你当前的工作,比如如何在当前的环境中获取并利用你需要的资源。假如你不知道需要啥,那再请返回到第一点温习。记得和服务器管理员交朋友,他们会在某个时候救你的命:)。

3. Obtain clear expectations

明确老板对你的期望。假如你有课题经费,确保你知道怎么使用这个经费以得到预期结果。当然也要做好老板改变主意的可能,特别是当方案明显不切实际或者尝试执行却不顺利的时候。

4. Rewrite your job description

重写项目表述。在知道你拥有的资源和老板让你干活的内容后,就需要更新一下在第二部做的工作描述。这一步的主要目的是对老板要求的反馈,也就是你能干嘛不能干嘛、这个活儿要干多久,这样老板就能适当的安排课题进度、各种实验的优先顺序等等。不确定的难点,尽量记得要向生物信息课题组的大牛们求助。

5. Papers

干完活儿,就要发文章啦,但是中间作者在某种程度上真的是鸡肋啊TnT。所以在发了第一篇文之后,就要问问老板啥时候你的一作文章能出来。悲催的是,很多时候生信人员的利益不得保障(国外居多),比如Is Bioinformatician (we) free-rider?这篇文章就以第一人称写给manager的信,讲了一个生信做的好好的二作由于修稿过程中别人补了很多湿实验后沦为四作的悲惨境遇 。所以时刻想想,你为这个课题贡献了什么,在合作的文章里自己是不是贡献得更多呢?假如真的不能成为一作,那自己的某些idea是不是能另行发一篇小文章呢?勤交流。

6. Attend bioinformatics meetings

参加生信相关的会议——当然老板会建议你参加课题组相关的,除此之外,你要好好利用课题组资源,该参加的会议就果断参加。

7. Try first, ask later

先尝试,再问。经验是最好的老师,就比如编程语言,用它解决的问题多了就会变得精通。但也要知道自己的解决方案有时候并不是最优的,很多问题在解决后都需要回顾,也即“复盘“。当你想不出最优的方式,就要及时向高手求助,充分利用你所学到的知识、所得到的反馈和回答,然后再向前进。没有人会喜欢伸手党,我们更喜欢在那些遇到问题后努力尝试的人。但同时,尝试的时间也切忌过长过多,否则容易陷入细枝末节的怪圈,即时交流沟通,比如设个deadline。

结语

就我个人观察经验,在一个项目中,一旦生信分析人员完全独立工作而不寻求帮助,那么这个项目百分之百会成为一团乱麻。一定要找到能够在你遇到困难时指导你开展工作的人,他们能够让你不会错得离谱。

不妨经常问自己这几个问题:你在课题组的地位和其他人一样受到同等的尊重吗?你享受到和他们一样在技能提升过程中获得的乐趣了吗?你的职业生涯按部就班地成长吗?这一切的前提就是明白自己在干什么,要干什么。

假如在学术机构中,一定要发文章。中间作者是ok的,但是一作才能让别人对你刮目相看,不再视你为从属者。比如一个小目标:一年两篇,或许是一篇综述,或许是关于软件评估使用的文章,又或许是在做课题时经常遇到的问题的解决方案。一开始这些可能有些枯燥,做习惯了就顺手了。

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