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  • Luo, Liqun (232)
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Week2 单细胞入门-听一篇Cell报告
Week3 单细胞入门-了解Microwell-seq&scMCA
文献阅读week10 单细胞测序入坑

专门分析10x genomic公司的单细胞转录组数据的软件套件

单细胞数据的降维与聚类
本文的图片内容来自王克帧楼的清华大学的陈文昌课题组邹子恒同学汇报ppt,汇报主要包含了单细胞数据的常见降维与聚类算法原理。 因此通过本次总结,积累相关算法背后的统计学背景。

  • 降维
  • t-SNE
  • t-SNE 和 scRNA-seq data 例子
  • 针对scRNA-seq数据的更多降维方法

对混合细胞类型的转录组数据去卷积 (综述)

一文就懂git免密推送

Git免密码提交

  1. 首先本地要安装有git

  2. 查看系统是否已有生成公钥,在命令行执行:
    windows(cmd命令行): type %userprofile%.ssh\id_rsa.pub
    Linux/macOS/PowerShell: cat ~/.ssh/id_rsa.pub

  3. 如果以上内容没有输出则自己生成一个, windows下先在git安装目录下找到git-bash.exe程序打开,执行以下命令,Linux/macOS/PowerShell直接在shell环境中执行。
    ssh-keygen -t rsa -C "你的Git注册邮箱" -b 4096

  4. 打开Github或者你公司的git的网页,在Settings–>SSH keys中点击New SSH Keys。重新执行第2步命令,把输出的结果复制到Key编辑窗口,保存。

  5. 如果之前已经git clone了项目到本地,就在命令行切换到本地仓库目录执行以下命令
    删除远程仓库地址
    git remote rm origin
    添加远程仓库地址
    git remote add origin git@git服务器域名或IP:用户名/仓库名.git
    其实就是把通过https访问远程的项目方式改成通过ssh访问,因为我们的密钥只能用于ssh通信。如果还没有克隆项目下来,就执行以下命令
    git clone git@192.168.1.200:wangms/wms_script.git

  6. 此时再push项目时就不需要填写用户名和密码了git push origin master

ref: https://blog.csdn.net/u011323949/article/details/79296280

学bds小收获之实用alias集锦

alias命令用来设置指令的别名。我们可以使用该命令可以将一些较长的命令进行简化。使用alias时,用户必须使用单引号’‘将原来的命令引起来,防止特殊字符导致错误。

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学bds之Chapter 10 Working with Sequence Data

前言

“生物信息数据处理中,处理各种数据格式属于关键技能之一,一些一开始人为设定的文件格式会随着时间成为标准的数据格式。” ——Peter Cock 这章讲了一些核酸序列的数据格式的优缺点,以及处理这些数据的工具。这章比较短,但有非常重要的一点需要说明:要非常小心人为设定的数据格式所可能出现的常见陷阱。一些细节上的差错(比如文件类型)可能会让我们花大量的时间和精力去查错,所以早期对细节的关注非常重要。

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